呼和浩特博物馆现有两处馆址，分别为内蒙古博物馆旧馆和清?和硕恪靖公主府。内蒙古博物馆旧馆于2010年由自治区文化厅移交呼和浩特市人民政府，市政府决定划归呼和浩特市博物馆作为馆址；公主府是1989年由呼和浩特市博物馆接管呼和浩特市师范学校移交而成为现今呼和浩特市博物馆馆址的。2010年12月决定对呼和浩特博物馆进行改扩建工程，总改扩建面积为6950平方米，其中抗震加固工程4950平方米，新建文物修复中心和办公楼1200平方米，新建地下文物库房800平方米，项目总投资4510万元，建设期限为3年。

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